crystalmaker教程 下载本文

点击信息框上的按钮;关于选定原子和任何键合原子的信息会显示在Overview Window

上的Log面板(如果Overview window不可见,选择Window > Palettes > Log使其可见)。 三.点击 四.

来放大感兴趣区域:

,并拖动结构,即可移动整个结构。

我们使用屏幕工具

把鼠标指针放在某个原子上并点击。结构会以被点原子为中心放大;可以一直放大到它的键合原子填满屏幕。

选择工具

在Crystalmaker中,可以对选定原子、多面体及原子簇进行隐藏。如果只想对晶体的部分进行操作,用户就需要选择这些原子。选定的原子以黄色或红色的光环标注,可以存储到文件。 选定一个或多个原子,使用的是以下工具: 一.

箭头工具允许选择在一个长方形的结构,点击并拖动整个选择的原子。 1.选定单个原子: (1) 在工具面板中选择

(2) 点击想要选择的原子;

(3) 按住shift键,点击选择其他原子。

2.选择矩形范围内的原子: (1) 在想选择区域的一角,点击并按住(2) 拖动鼠标选择一个矩形区域; (3) 释放鼠标,选择的原子就会加亮。

3.选择分子单元内的所有原子: (1) 使用

选定一个原子:

(2) 选择Selection > Select Entire Molecule,分子单元内所有键合的原子都被选定。

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4.移动选定的原子: 使用

工具点击并拖动选定原子。按住shift键进行水平或垂直操作。用户也可以使用键

盘上的箭头键移动选定的原子。原子每次移动一个像素的大小,如果按住Option键移动,每次会移动更大的距离。 二.使用

快速隐藏单个原子或多面体:

1. 在工具面板中,点击

2. 点击想要隐藏的原子或多面体,当放开鼠标时,原子消失。 三.

多边形工具可定义不规则的选择区域。点击起点完成选择。 选择不规则图形范围内的原子: 1.在工具面板中选择

2.点击定义选择区域的第一个点,释放鼠标; 3.继续定义围绕原子的点;

4.最后再次点击开始点,完成区域选择,选择区域内的原子就会加亮。

四.

套索工具定义一个随意的选择区域。有了这个工具,点击并拖动闭环围绕想选择原子 选择圈形区域的原子: 1.在工具面板中选择

2.点击并拖动鼠标,定义一个圈形区域; 3.释放鼠标,区域内原子加亮。

测量工具

使用距离和角度工具,可以得到有关结构的定量信息。

一.

化学键距离工具可以测量两个原子中心的三维空间距离。

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1.在工具面板上选择化学键距离工具;

2.选择一个原子,显示为加亮;

3.点击和加亮原子键合的原子,它们之间的实际距离会显示出来;

4.观察Overview window窗口的Log面板。化学键距离会记录在这儿,连同它的矢量;

二.

距离工具可以测量平面内两点的距离。测量平行于屏幕方向的距离。 1.选择距离工具

2.鼠标在图片窗口中点击,显示为十字;

3. 移动鼠标,同时保持在图片窗口中。当鼠标移动时,一条线会连在起始点;距离会显示在线的边上;

4. 点击另外一个点,测距完成显示出来。

三.

化学键角度工具可以测量三维空间中三个原子之间的角度。 1.选择化学键角度工具

2.点击三个相连的原子;

3.三维方向的角度为在选定的原子边上显示出来,并出现在Log中。 四.

扭转角工具可以测量四个原子之间的扭转角度。 1.选择化学键角度工具

2.点击四个相连的原子;

3.扭转角度为在选定的原子边上显示出来,并出现在Log中。 五.

角度工具可以测量平面内三点之间的角度 1.选择化学键角度工具

2.任意取三点;

3.三点间角度显示出来,并出现在Log中。

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六.

工具,可以对把晶面沿与其平行的方向进行移动。

Crystalmaker可以显示一个穿过结构的晶面。用户可以定义晶面的位向,对其进行移动,以及以其为界面切除结构。使用1.在结构中移动晶面: (1) 选择晶面工具

(2) 在图片窗口中点击并移动鼠标。晶面平行的向前或后移动。

2.旋转晶面: (1) 选择

工具;

(2) 按住option/alt健;

(3) 点击拖动晶面,沿其中心点旋转。

七.

是添加注释工具,同window-palettes-annotation。

八.

用户使用工具,可以创建或删除单个化学键。

如果两个选定原子之间没有化学键,使用这个工具会生成化学键;如果已经存在化学键,使用这个工具会删除化学键。

对于大分子,按住shift健,点击

工具,Crystalmaker主动搜索并生成类似的化学键。

屏幕尺寸工具

一.

点击

,图像为标准屏幕显示。

二.

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