药物代谢酶和药物作用靶点基因检测技术指南(试行)20150729 下载本文

将棉签置于干净滤纸上阴干,每位受检者至少采集棉签3根。棉签立即放入干净封口塑料袋内封闭并放入纸质信封,信封上应做好详细标记。滤纸应经过灭菌处理,以防细菌生长抑制核酸酶的活性。漱口标本也可作为口腔脱落细胞的来源。用于RNA分析的口腔脱落细胞必须保存在RNA稳定剂中。 4.3标本的运输与保存

分子检测人员应熟知标本运送与保存的条件要求。标本一经采集,应尽快送到临检实验室。临检实验室应制定样本运输与保存的SOP。在运送工具的选择、标本的运送和保存环境等方面应严格按规定执行。

运送过程中应防止盛放标本的容器破碎和标本丢失,注意标本的隔离、封装、容器的密闭。标本应标明采集的日期和时间、运送时间、实验室接收时间、实验室接收时标本的温度。运送条件根据标本类型和待测靶核酸的性质而定。DNA分析应在采集后8小时内送达实验室,否则需低温运送。当待测核酸为RNA时,能在10分钟内送达实验室的标本可室温运送;如果运送时间较长,则应将标本置于干冰中,4小时内送达实验室;如果标本中添加了RNA稳定剂,则可室温运送或邮寄。标本的长距离运送应符合生物安全要求。标本运输人员应接受适用于标本类型和远程运输的安全和包装程序的培训。

1)样本运输中需注意的常规事项

a) 放置血液标本的采血管应用石蜡膜或透明胶带封住管盖,以防标本运送过程中采血

管管盖脱离;标本运输过程中选用轻质且不易破碎的包装物,并在包装间隙用细碎轻质材料填充。

b) 标本运输和储存过程中要避免将标本暴露于可能导致核酸降解的环境中。 c) 选择可靠的快递公司,样本寄出后应尽快告知检测实验室快递单号及相关信息,以

便对样本运输情况进行查询和跟踪。样本要求在尽量短的时间内送达临检实验室。 d) 组织或血液标本的采集过程中可能引起部分基因的表达上调,定量分析基因表达时

需考虑到。

2)常见标本运输和保存注意事项

见《个体化医学检测质量保证指南》。 4.4 标本的接收与保存

1)标本的验收、接受与拒收:临床分子诊断实验室应建立严格的标本验收制度和

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不合格标本拒收制度,并安排专人接收标本。标本验收的内容包括:检查申请单的项目填写是否符合要求、标识是否清楚;申请单有无医师签字;申请单所填项目是否与标本所示一致;申请单姓名、科别、门诊或住院号与标本的标签是否一致;是否签署了知情同意书;核实标本采集及送检之间的时间间隔(要求采样1周以内);检查标本的量和外观质量,血液标本的外观质量包括采血管是否密闭、有无溶血、管壁有无破损、标本是否有明显的污染迹象(如开盖),样本接收时的大致温度,样本量是否符合要求。手术切除组织标本需做切片和HE染色,由有经验的病理医师评价肿瘤细胞的数量是否满足检测需要。若送检的为DNA样本时,要求体积大于20 μL,OD 260/280为1.6~1.8之间,浓度大于50 ng/μL,琼脂糖电泳后电泳条带大于50 kb。拒收无标签、标签不清晰、采血管破裂、已开盖、运送时间超过1周的样本。拒收标本时应及时与送检单位联系,要求重新采样或重新送样。每个接受的合格标本均应分配一个唯一的标识码。样本签收时实行送样人和收样人双签名制度。标本接收后,如不能立即检测,必须按要求进行适当的保存。

2)样本的登记与录入:样本签收后立即登记样本基本信息,收样日期和时间,并尽快将标本信息录入实验室(或医院)信息系统,后续的操作过程及样本保存均用唯一编号。

3)标本预处理:部分送检标本到达实验室后需进行预处理,如保存于滤纸上的血液标本需采用穿孔机将滤纸上的血斑取下装入离心管中,用溶解液冲洗浸泡滤纸,摇床上室温孵育以除去滤纸上的血红蛋白。为避免交叉污染,一个干血斑取材完毕后,穿孔机需用70%的乙醇彻底清洗,PBS冲洗后,方可用于下一个干血斑的采集。甲醛固定石蜡包埋组织在进行核酸检测前需进行彻底的脱蜡,二甲苯是常用的高效脱蜡有机溶剂。

4)接收后标本的保存见《个体化医学检测质量保证指南》。 5. 药物代谢酶和药物作用靶点基因检测分析中质量保证

药物代谢酶和药物作用靶点基因检测必须有严格的质量控制措施,涉及基因扩增的检测项目必须在通过技术审核的临床基因扩增检验实验室完成。分析中质量控制的内容包括:实验室设计的要求;检测程序的选择、验证及确认;仪器设备的使用、维护与校准;人员培训;样本的准备(如核酸纯化等);执行检测;确认检测结果的可靠性。实验室应制定室内质量控制操作程序(SOP)和参加室间质评或实验室间比对。 5.1 实验室设计要求

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原则上按照《个体化医学检测质量保证指南》的要求进行。作为药物代谢酶和药物作用靶点基因检测核心技术之一的PCR,要保证结果的可靠性和准确性,首要措施就是防“污染”。检测实验室应按《医疗机构临床基因扩增实验室管理办法》要求进行设置,并按要求严格控制空气流向,避免PCR产物污染。 5.2 检测方法

药物代谢酶和药物作用靶点基因检测过程一般包括核酸提取和靶标检测两阶段。 5.2.1 核酸提取方法

DNA提取用酚-氯仿提取法和盐析法等均可。酚-氯仿法提取可能导致DNA样品中酚或氯仿残留,从而抑制后续的PCR反应。盐析法提取可能存在蛋白质及其他物质的残余,DNA的纯度和得率不高。DNA提取操作要求在生物安全柜内进行。DNA一般溶解在pH为7.2的TE(Tris-EDTA)溶液中,可减少其降解。但如果DNA在提取后几天内用于PCR,也可用双蒸水进行溶解。提取出的DNA要求OD 260/280介于1.6~1.8之间,浓度大于50 ng/μL。

DNA相对稳定,在无DNA酶的情况下,常温下纯化的DNA在TE缓冲液中可放置26周,2~8?C冰箱中可放置至少1年。为降低DNA酶的活性和确保DNA的完整性,纯化的DNA标本的长期保存应在0 oC以下的环境中。建议将DNA原液保存于-70oC或以下的环境中。DNA应放置在带盖密封、疏水的塑料管中(带橡胶垫片的塑料管更好,可防蒸发)。聚丙烯容易吸附DNA,尤其是在高离子强度的时候,聚乙烯结合DNA的能力更强。DNA最适于保存在异质同晶聚合物材料的塑料管或经特殊处理的聚丙烯塑料管中。

RNA的提取用异硫氰酸胍结合酚-氯仿提取法,要求提取后的RNA OD 260/280介于1.8~2.1之间,琼脂糖电泳28S:18S≥2。因RNA很容易被降解,纯化好的RNA最好沉淀在无水乙醇中-70 ?C或更低温度下保存。RNA需储存在灭菌、疏水、并用焦碳酸二乙酯(DEPC)灭活了RNA酶的塑料管中,操作过程需带手套。尽量将RNA溶解于偏碱性(pH 7.1~7.5)溶液中。纯化的RNA在首次冻融后3小时内保持稳定,但反复冻融可导致降解。 5.2.2 药物代谢酶和药物作用靶点基因检测的检测方法

用于靶标检测的方法包括PCR-直接测序法、PCR-焦磷酸测序法、荧光定量PCR法、PCR-基因芯片法、PCR-电泳分析、PCR-高分辨率熔解曲线法、等位基因特异性PCR法、PCR-限制性片段长度多态性方法、原位杂交(ISH)等多种方法,每种方法的原理和优

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缺点如下: 1)PCR-直接测序法

也称PCR-Sanger测序,该方法基于双脱氧核糖核酸(ddNTP)末端终止法,根据核苷酸在某一固定点开始延伸,随机在某一特定碱基处终止,由于掺入的每个碱基都进行了荧光标记,因此产生了以A、T、C、G结束的四组相差一个碱基的不同长度的系列核酸片段;通过毛细管电泳分离这些片段后读取待测核酸的碱基序列。Sanger法测序是DNA序列分析的经典方法。由于该方法可直接读取DNA的序列,因此被认为是基因分型的金标准。

PCR-Sanger测序法的操作过程主要包括PCR扩增和PCR产物纯化、测序反应、测

序和结果分析四个主要步骤。分析时需要设置阴性对照和阳性质控品。该方法属于定性检测,优点是测序长度较长,可发现新的变异位点。主要不足:灵敏度不高,尤其是在进行肿瘤组织体细胞突变检测时,当组织中靶标基因突变比例低于20%时,可能出现假阴性结果;对试剂和仪器有特殊要求,不易普及;操作复杂,成本相对较高,速度慢、通量低。

2)PCR-焦磷酸测序法

本方法是由4种酶催化的同一反应体系中的酶级联化学发光反应。实验需设计一条生物素标记的测序引物,当引物与单链模板DNA退火后,在DNA聚合酶、ATP硫酸化酶、荧光素酶和三磷酸腺苷双磷酸酶4种酶的协同作用下,将引物上每一个dNTP的聚合与一次荧光信号的释放偶联起来,通过检测荧光的释放和强度,达到实时测定DNA序列的目的。所需试剂包括样本处理试剂、核酸扩增试剂、单链模板制备试剂、焦磷酸测序试剂和阳性质控品五大类。所需仪器为PCR仪和焦磷酸测序仪。为避免假阳性和假阴性结果,应严格区分阳性质控品和反应试剂的使用,防止因试剂污染致假阳性发生。

该方法的主要优点:检测灵敏度较高,对体细胞突变和甲基化等可实现定量检测;分型准确可靠,通量较高,实验设计灵活,可发现新的突变或遗传变异。主要缺点:对试剂和仪器有特殊要求,不易普及;检测灵敏度有限,对肿瘤组织中的低丰度体细胞突变(<3%)容易出现假阴性;测序长度仅10多个碱基,不能对长片段进行分析。 3)实时荧光PCR法

根据检测原理的不同,实时荧光PCR法可分为探针法和非探针法两种,前者利用与靶序列特异杂交的探针(Taqman和分子信标)来指示扩增产物的增加,后者利用荧

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