VASP使用总结 下载本文

先将势库放入Xftp连接的后台文件夹下,然后在打开的界面中找到势库中计算所需要的势,然后解压并添加到POTCAR中,在界面中输入的具体步骤是:

第一步:ls回车→→ cd空 hx回车→→ls回车→→cd 势文件夹→→ ls 回车→→ cd 空paw_pbe 回车→→ ls 回车→→ cd空Ce →→ ls回车 →→zcat空POTCAR.Z

空> Ce回车, ls 就会发现已将所需的势解压出来了,

第二步:就是将解压出来的各元素的势都添加到POTCAR中,步骤如下: cat空Ce空Co空B空Si空>POTCAR回车(注意这里边各元素的添加顺序一定要与POSCAR中的一致,POTCAR这个文件夹。

如图所示),ls发现已经出现了

(3)KPOINTS

KPOINTS是设置最简单的,只需要在原来的文件中修改K点网格数就可以了,这个根据计算的实际情况而定。(一般可以依据MS中的调整来设置不同的K点)如下为该文件:

(4)INCAR

INCAR是一个非常重要的输入文件,也是最难设置的。如图所示,第一行不System不重要,只是一个名称。

ISTART =0是指开始新的计算;ICHARG =2是指从原子的电荷密度重叠构造初始电荷密度

ISMEAR =0是指采用高斯方法;SGIMA=0.1是指展宽为0.1eV ECUT =380 是指平面波的截断能为380

IBRION =6; (等于6时是计算弹性性质;等于2时是在优化);ISIF=3是有化参数(大于等于3时是计算弹性性质);NSW=15是计算的步数

EDIFF和 EDIFFG是电子和离子收敛精度

PREC= Accurate是计算精度(对应MS中coarse、medium、fine等) 因次,INCAR 中的参数需要根据实际情况来设置,在这里也不便多说。

2、输出文件的查看和指令

输出文件有CONTCAR、OUTCAR、comment等。

查看输出文件less(不在界面显示结果,看完了输入:wq或者:q回车就退出了)

用cat查看时(会将结果显示在界面)

CONTCAR文件主要是优化完的结果文件(就是将CONTCAR文件改为POSCAR文件进行下一步计算)

Comment文件主要是查看一次性测试完截断能的结果文件。 OUTCAR文件包含VASP计算的绝大部分结果文件。

查看所计算体系的体积时,使用命令:grep 空”volume” 空OUTCAR回车 查看所计算体系的总能时,使用命令:grep 空“TOTEN” 空OUTCAR空|tail空-n空1回车,如图所示

若是是用脚本测试截断能,则在comment中查看结果,即:

cat空comment回车,如下图所示 查看弹性常数时:

第一种:可以用脚本来提取(即在计算的文件夹下放入提取弹性常数的脚本get-elastics.sh ,待计算完毕的时候,输入sh空get-elastics.sh ,在界面上就出现结果了。

第二种:第一步:grep空ELA空OUTCAR回车

第二步:cat空-n空OUTCAR空|grep空“TOTAL ELASTIC

MODULI”(将界面上出现的结果文件粘贴到这儿)回车(就会显示一些有代码的结果文件),如:473711(矩阵行列起始)及文件名

第三步:sed空-n空“473711,473731”(弹性常数所处的行数)

空 (就会显示出弹性常数)回车

3、计算单点能

计算单点能通常是用来测试ENCUT 和K点的 (1)测试截断能

第一种方法:POSCAR POTCAR 都比较简单,就是按照前面所说的方法步骤弄就可以了(注意POTCAR中添加势的时候要与POSCAR中的元素顺序一致)。

最重要的是INCAR和 KPOINTS中参数的设置: SYSTEM = tetr Nd_Si ENCUT = 300

ISTART = 0; ICHARG = 2 ISMEAR = 0; SIGMA = 0.1 #IBRION = 2; ISIF=3 ; NSW=15 EDIFF = 0.1E-04 EDIFFG = -1E-3 PREC = Accurate

以上是INCAR中的参数设置,对于计算单点能时,只需要将ENCUT设置一下,#IBRION = 2; ISIF=3 ; NSW=15(这一行标注了意思就是取默认值),对于KPOINTS则只需要设置K点网格就可以了。

设置好之后,先按退出键ESC →→ 输入:wq回车,就是保存并退出 运行指令:/opt/mpi/openmpi/1.6.5/bin/mpirun空 –n空10空vasp空>vasp.out空&

或者也可以采用脚本进行后台运行,即在计算文件夹中放入vasp.pbs脚本,然后直接输入qsub 空vasp.pbs回车就可以了

计算完毕查看结果的时候,使用命令:grep 空“TOTEN” 空OUTCAR空|tail空-n空1回车,此时出来的就是最后一个的能量值,若想看倒数5个的能量值,可以输入:grep 空“TOTEN” 空OUTCAR空|tail空-n空5回车,就可以看到了。如果想看开始几行 的只需要将命令改为:grep 空“TOTEN” 空OUTCAR空|head空-n空5回车,即可。

第二种方法:若采用 脚本来一次型测试的话,POTCAR 和POSCAR不变,KPOINTS选好一个K点,然后使用脚本run-cut来进行优化,以下为该脚本内容。测