quantity one 中文使用说明 下载本文

其中“Optical Density”显示得是该泳道光密度值的分布情况。大家会注意到这个分布曲线并不是紧贴着纵轴,而是位于纵轴上方分布。造成这个“悬空现象”的原因就是该泳道自身存在着一定的光密度“背景”。这个背景的存在导致该泳道上各个电泳条带之间不能处于同一水平进行对比;如果考虑到相邻的其他泳道更是因为不同背景的存在而无法对比不同泳道上的不同电泳条带。如何去除这个背景呢?我们继续看右边的“Lane Backgroud Substruction”对话框。这个对话框的上方“All Lanes”表示可以对所有泳道进行一次性处理;下方的“Selected Lane”表示仅针对此次选中的这个泳道进行处理(我们选中的是第4泳道)。我们用鼠标选择“Selected Lane”的“Lane On”选项。然后在下面的“Rolling Disk Size”里填上“5”,再按“回车”键。好!大家再来看看现在“Optical Density”中出现了一条紧紧沿着光密度曲线分布的酱色曲线。这条曲线将泳道的背景与电泳条带的光密度分布十分精确的划分开来。

提示:

大家可能会好奇这里的“Rolling Disk Size”指得是什么意思?我们可以将Quantity One提供的去除背景功能想象成是一个滚动的小球。如果这个小球的半径越小,那么它沿着光密度曲线滚动时滚过的路径就越发精细,具体反映在酱色曲线的轨迹越发靠近黑色光密度分布曲线的基线。因此从理论上来说“Rolling Disk Size”的取值越小,它的去除背景效果越好。大家可以试着选择一个较大的值比如80,再来看看此时酱色曲线的轨迹。当然也不能取太小的值。因为如果取值太小,大家可以想象这个十分微小的球就会滚入光密度曲线内部,造成有效阳性信号的损失。个人感觉5~20是一个比较好的取值范围。

OK!我们再在“Lane Backgroud Substruction”对话框的最下方钩选“Show Lane Trace with Backgroud Substructed”,再来看看是不是泳道上所有的背景都被消除了?各个电泳条带是不是完全结合到纵轴上在同一水平进行比较了?

前面说过Quantity One之所以强大是因为它具有的泳道/条带轨迹定量法。现在我们就来学习一下如何在电泳图片上创建泳道(Lane)以及如何进行针对不同泳道的背景排除。

排除背景:首先请大家注意,这个排除背景和前面我们在“Image”菜单中使用的“Substruct Backgroud”有所

不同。后者排除背景的对象是整个电泳图片而非将各个电泳泳道的背景分别进行排除。现在我们要学习的这个命令可以帮助我们分别排除各个泳道(也可以将全部泳道用相同标准进行排除)的不同的光密度背景。这个功能对我们以后的分析影响甚大,大家一定好好学习。

首先我们要将我们的电泳图片进行前面谈到的泳道识别,不管是自动方式还是手工识别。然后选择“Lane-Lane Backgroud...”命令。选择该命令后,鼠标即变成一个绿色的“+”,将鼠标移到您打算进行背景排除的泳道(比如下图中的第4泳道),点击左键一下,立刻就会弹出如下图所示的对话框。

其中“Optical Density”显示得是该泳道光密度值的分布情况。大家会注意到这个分布曲线并不是紧贴着纵轴,而是位于纵轴上方分布。造成这个“悬空现象”的原因就是该泳道自身存在着一定的光密度“背景”。这个背景的存在导致该泳道上各个电泳条带之间不能处于同一水平进行对比;如果考虑到相邻的其他泳道更是因为不同背景的存在而无法对比不同泳道上的不同电泳条带。如何去除这个背景呢?我们继续看右边的“Lane Backgroud Substruction”对话框。这个对话框的上方“All Lanes”表示可以对所有泳道进行一次性处理;下方的“Selected Lane”表示仅针对此次选中的这个泳道进行处理(我们选中的是第4泳道)。我们用鼠标选择“Selected Lane”的“Lane On”选项。然后在下面的“Rolling Disk Size”里填上“5”,再按“回车”键。好!大家再来看看现在“Optical Density”中出现了一条紧紧沿着光密度曲线分布的酱色曲线。这条曲线将泳道的背景与电泳条带的光密度分布十分精确的划分开来。

提示:

大家可能会好奇这里的“Rolling Disk Size”指得是什么意思?我们可以将Quantity One提供的去除背景功能想象成是一个滚动的小球。如果这个小球的半径越小,那么它沿着光密度曲线滚动时滚过的路径就越发精细,具体反映在酱色曲线的轨迹越发靠近黑色光密度分布曲线的基线。因此从理论上来说“Rolling Disk Size”的取值越小,它的去除背景效果越好。大家可以试着选择一个较大的值比如80,再来看看此时酱色曲线的轨迹。当然也不能取太小的值。因为如果取值太小,大家可以想象这个十分微小的球就会滚入光密度曲线内部,造成有效阳性信号的损失。个人感觉5~20是一个比较好的取值范围。

OK!我们再在“Lane Backgroud Substruction”对话框的最下方钩选“Show Lane Trace with Backgroud Substructed”,再来看看是不是泳道上所有的背景都被消除了?各个电泳条带是不是完全结合到纵轴上在同一水平进行比较了?

我们对于其他泳道也可以依葫芦画瓢进行类似的背景排除工作。如果大家觉得可以使用同样的标准,即相同的“Rolling Disk Size”进行排除,那么我们可以在“Lane Backgroud Substruction”对话框中选择上方的“All Lanes On(same level)”选项。然后在“Rolling Disk Size”中填上一个合适的值,点击“Done”按钮确认就可以了。此时该电泳图片上所有的泳道都以相同的标准进行了背景去除。不信你可以自己将鼠标点击其他泳道(比如第8道或第1道),你会发现所有泳道的背景均已去除。

我们对于其他泳道也可以依葫芦画瓢进行类似的背景排除工作。如果大家觉得可以使用同样的标准,即相同的“Rolling Disk Size”进行排除,那么我们可以在“Lane Backgroud Substruction”对话框中选择上方的“All Lanes On(same level)”选项。然后在“Rolling Disk Size”中填上一个合适的值,点击“Done”按钮确认就可以了。此时该电泳图片上所有的泳道都以相同的标准进行了背景去除。不信你可以自己将鼠标点击其他泳道(比如第8道或第1道),你会发现所有泳道的背景均已去除

刚才我们已经对电泳图片上的泳道进行了识别和背景去除。现在我们可以利用Quantity One提供的泳道对比功能对同一张凝胶照片上的不同泳道进行对比,看看每条泳道上电泳条带的分布情况。

泳道对比:首先将打开的电泳照片进行前面谈到的泳道识别和去除背景步骤。然后选择“Lane-Compare Lanes”命令,鼠标变成“蓝色感叹号”之后将鼠标移动到您希望进行对比的泳道上(比如下图的第3泳道),左键点击,Quantity One就会立刻探出一张黑色背景的“Compare Lanes”对话框。在这个对话框中红色的

曲线代表您选择的泳道的光密度分布曲线。曲线的波峰部分表示位于泳道上的不同电泳条带;波峰的高低象征电泳条带光密度值的大小;波峰的宽窄象征电泳条带的宽度;波峰由左至右表示各个电泳条带顺着泳道由后向前的分布。

提示:

大家请注意这个红色曲线。它不仅仅提供给我们关于泳道上光密度的分布情况,更重要的是在下一步我们对电泳条带进行定量的时候,我们将以每个波峰的曲线下面积作为定量的标准。

我们还可以用鼠标点击其他我们感兴趣的泳道(比如下图中第6、9、14泳道),这时再转到“Compare Lanes”对话框我们会发现Quantity One已经帮我们用不同颜色在同一张图片上绘制出了这4条泳道的对比图。是不是非常PP?

前面我们已经识别和分析了电泳图片的泳道,下面我们开始研究电泳条带的问题。首先在这里明确两个名词翻译:“Lane”指电泳泳道;“Band”指电泳条带。在下文中一律使用这两个英文名词来表示这两个意思。

电泳条带的识别:和前面研究Lane一样,首先我们要对Lane上的Band进行识别。识别方式同样分为自动识别和人工识别。自动识别的时候选择“Band-Detect Bands...”命令。这时Quantity One会自动弹出一个“Detect Bands”的对话框(如下图)。

提示:

第一次用Quantity One的朋友可能会发现您的Bands识别以后仅仅是画出了一条红色的粗线,而在上面的演示图片中却是上下括号的形式。其实大家可以在“Band-Band Attributes”选项中设置Bands的显示形式。在下方的“Style”选项卡中选择“Brackets”就会将原来的粗线改为括号形式了。

在上面的对话框中,我们可以指定识别的参数。

如果要自动识别所有Lanes上的Bands就钩选Lands后面的“All”选项;如果仅仅想自动识别某一条Lane