生物大分子三维结构显示技术讲义
PyMOL使用入门
耿存亮
gengcunliang@gmail.com
2012年10月09日
PyMOL使用入门
1. PyMOL简介
PyMOL是一款生物大分子三维结构显示软件，其中“Py”是指此软件使用Python语言编写，“MOL”是指Molecule。
PyMOL官网是http://www.PyMOL.org/，发展历史和软件更新动态可在此查询。
PyMOL的学习网站是http://www.PyMOLwiki.org/index.php/Main_Page，若想用好PyMOL，此网站是必上网站，其实这一个也就够了。
2. PyMOL入门
2.1 模式显示及颜色显示
PyMOL既可以鼠标操作也可以命令操作，但是命令操作可以完成许多鼠标难以完成的任务。下面就以实例来认识一下PyMOL。
打开PyMOL软件后，首先要特别注意的是当前工作路径。 在命令框输入命令并回车 pwd 即可显示当前工作路径，默认路径是PyMOL的安装路径。一般不把文件保存在安装路径下，所以需修改当前工作路径，而且路径不能有汉字，
比如改为D盘，输入命令并回车 cd d: 再用pwd命令查看一下当前工作路径。如下图所示：
pwd: print working direction cd: change direction 命令很方便很简单很神奇吧O(∩_∩)O~
其次要注意的是保证鼠标是三键式的，滚轮可用作中键。如果像苹果机一样
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PyMOL使用入门
只有一个按键或没有中键的话，还是赶紧换个鼠标吧。
好了，现在下载一个PDB文件，如何下载呢？
当然可以去PDB网站http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do下载，但是打开网页多麻烦啊，如果能用PyMOL直接下载该多好啊，那就试一试fetch命令吧！
下载纤维素外切酶CBHI和纤维素糖链的复合物晶体结构，PDB号是7cel，输入命令 fetch 7cel 稍等片刻，就会下载完毕并显示如下：
刚才说到三键式鼠标，那么三个键都有什么用呢？
按住左键滑动会旋转结构（rotate），按住中键滑动会移动结构（move），按住右键滑动会缩放结构（move zoom）。
这个不用记，多按几下就熟了，实在忘了在右下角有提示的，如下图
下载打开7cel 的pdb文件后，在all小框下面会出现7cel小框，后面还跟着几个按键ASHLC，这几个按键后面会一点点介绍。先左键点击一下7cel小框，会发现结构消失了，被点击的小框也变暗了，这就是隐藏功能，再点击一下就会恢复，如下图所示
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7cel小框
看到恢复后的结构你一定感到一团糟吧，这都神马呀！
上过王禄山老师的课后，应该清楚PDB文件就是具有一定格式的文本文档，里面记录着每个原子的三维坐标值，不信的话可用记事本打开PDB文件看一看。PyMOL所谓的结构显示就是读取每个原子的三维坐标，然后用一个点（球）来显示出来，原子之间的化学键用线表示。当然还可以用其他模式的显示，比如大家很熟悉的螺旋飘带模型，在PyMOL中叫cartoon模式，输入命令并回车 as cartoon
看着熟悉的α螺旋和β折叠，是不是感觉清爽多了？ 刚才的操作也可用鼠标完成，如下图所示
点击7cel小框中的S按键，然后再点击cartoon或者lines、sticks、ribbon等等。假如点击了lines，你会发现一团糟的结构又回来了，而cartoon模式没有
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