目录
概述 .............................................................................................. 2
Graphics window 绘图窗口 .................................................................................................... 2
Tools Palette工具面板 ............................................................................................................. 2 Sidebar 侧边栏 ........................................................................................................................ 3 Overview Window 观察视图窗口 .......................................................................................... 3
菜单详细介绍 ............................................................................. 3
Ⅰ．FILE子菜单 ..................................................................................................................... 3 Ⅱ.Edit子菜单 ........................................................................................................................ 16 Ⅲ. Selection子菜单 ............................................................................................................... 18 Ⅳ.model子菜单 ..................................................................................................................... 23 Ⅴ.Rendering 渲染子菜单 ..................................................................................................... 29 Ⅵ. transform子菜单 .............................................................................................................. 33 Ⅶ.Window子菜单 ................................................................................................................. 40 Ⅷ.Help子菜单 ....................................................................................................................... 46
Tools palette详细介绍 .............................................................. 48
操作工具 ................................................................................................................................. 48 选择工具 ................................................................................................................................. 49 测量工具 ................................................................................................................................. 50 屏幕尺寸工具 ......................................................................................................................... 52 缩放工具 ................................................................................................................................. 53 旋转工具 ................................................................................................................................. 53 旋转模式工具 ......................................................................................................................... 53
Overview详细介绍 ................................................................... 55
Views ....................................................................................................................................... 55 History..................................................................................................................................... 56 Files ......................................................................................................................................... 56 Log .......................................................................................................................................... 57
旋转 ............................................................................................ 58
结构旋转(Rotatiing the Structure) .......................................................................................... 58
旋转面板(Rotation Pad) ......................................................................................................... 58 旋转坐标系(Rotate about a screen axies) ............................................................................... 59 自动旋转 ................................................................................................................................. 59 用鼠标进行旋转操作 ............................................................................................................. 60
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概述
Graphics window 绘图窗口
包括应用菜单，菜单介绍：
File 打开、创建、保存和关闭文件。输出相关的文本和图片
Edit 编辑文本、结构和化学键；拷贝图片到剪切板，或者取消上步操作 Selection 选择原子相关的操作，例如标注、显示、隐藏原子 Model 选择结构模型显示的形式
Rendering 对模型的显示进行不同的设置
Transform 旋转、测量图片命令。可以测量化学键角度，或者产生粉末/单晶衍射花样 Window 对Crystalmaker操作界面进行设置 Help 提供在线帮助和用户手册
Tools Palette工具面板
工具面板中的屏幕工具，可以操作、测量和编辑结构。测量工具加上旋转工具，可以对晶体进行精确位向操作。用户可以在键盘上输入相应的字母来选择工具。在工具面板的最上面，
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会显示晶体结构或单分子的彩色图片：这是显示是否在分子模式的快捷方法。分子模式用来描述原子团以及其它没有长程对称的结构。
Sidebar 侧边栏
包括Site Browser位置浏览器和Notes pane注释界面：
Site browser提供关于结构中原子的信息。可以按照元素、位置标注对列表进行重新排列、同时在Site Browser中，可以对原子的颜色、可见度、标注以及半径进行编辑，并对单个位置或者同元素的原子簇进行编辑。
在Notes pane中，可以保存关于结构的文本信息。
可以通过拖动Side browser和Notes pane之间的分隔栏来显示/隐藏二者。
Overview Window 观察视图窗口
Overview Window提供关于复杂结构的动画和视频制作、文件浏览以及结构输出的具体细节等信息，由Views, History, file和Log四部分构成。
菜单详细介绍
Ⅰ．FILE子菜单
一．File —> New Crystal 新建晶体
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出现以下Edit Crystal对话框：
此窗口由三部分组成：一、对称数据；二、晶格参数；三、非对称基元中原子列表。
1． 空间群符号
用户可以直接输入空间群，或者点击Browse，然后选择一个空间群。 空间群符号可以以一下三种格式输入： (1) 国际符号
必须输入正确的格式，字符之间要有空格(例如C2/c应该输入“C 2 / c”)。可以使用简写的国际符号(例如“C 2 / c”)，或者使用完整的国际符号(“C 1 2/c 1”)。完整的符号可以进行非传统的对称设置。
(2) Schoenflies符号
必须使用括号，符号间不能有空格。列入C62h应该输做：C2h(6)。 (3) 空间群号
在晶体学国际表中。Crystalmaker假定为空间群的标准设置。
230种空间群都包含在程序中。如果用户的输入不能被Crystamaker识别，警告三角号会出现。
空间群浏览器
在空间群浏览器中，用户可以从列表中选择一个空间群。在Edit Crystal中点击Browse，或者选择Window > Palettes > Spacegroup Browser命令，就可以显示Spacegroup Browser。
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Spacegroup Browser的上部为搜索界面，下面为晶系、点阵类型和空间群的列表，显示了空间群的一些信息。
搜索空间群：
(1) 在Spacegroup Browser的上部搜索空格中输入空间群符号；
(2) 按回车键。如果搜索到空间群，其相应的晶系、点阵类型和符号就会加亮，相关信息就会出现在窗口的下面。
显示非传统空间群：
选择Show All Settings显示各种非传统空间群。 .2．设定对称性（高级对称选项）
编辑晶体的第一步是以空间群的形式设置它的对称性。用户有时定义对称性需要更大的灵活性：也许在使用一种非传统的空间群设置，或者想要手动输入对称性位置。这种情况下，可以点击Edit Crystal中的Options选项，出现Symmetry Options对话框：
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单选按钮： ① 空间群
在这种情况下生成一般等价位置(GEPs)； 限定晶格常数选项
如果选择了Constrain lattice parameters，在Edit Crystal窗口中只有未限定的晶格常数会出现(在立方晶体中为a)。用户需要输入单胞边长(单位为埃)，以及坐标轴间的角度。Crystalmaker就会自动根据对称性设定晶格常数。这就意味着，在立方晶体中只需要输入a值。少数情况下需要关闭此选项。例如，保留原子对称信息情况下研究单胞变形。
② 自定义
自己定义一般等价位置(GEPs)。点击Output打印GEPs。
点击Add按钮编辑新的一般等价位置，如下格式： +x -y +z 1/2+x 1/2-y +z
选择行，点击Remove来删除已经存在的GEP。
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原始误差
使用Origin Offset可以让程序明白在用户数据和Crystalmaker的对称性之间存在误差。以分数形式输入误差值。
3．晶格参数
如果选择了Constrain lattice parameters，在Edit Crystal窗口中只有未限定的晶格常数会出现(在立方晶体中为a)。用户需要输入单胞边长(单位为埃)，以及坐标轴间的角度。Crystalmaker就会自动根据对称性设定晶格常数。这就意味着，在立方晶体中只需要输入a值。少数情况下需要关闭此选项。例如，保留原子对称信息情况下研究单胞变形。
4．原子位移参数
原子位移参数用来定义热椭圆体：描述由于温度引起的原子位置的不稳定，晶体中的缺陷，以及其他统计学不规则。
在Crystalmaker中，用户可以添加、编辑原子位移参数。为了简化窗口，这些数据通常被隐藏，但使用Show选项可以显示出来。
添加新的位移参数：
(1) 选择Use Displacement Parameters选项； (2) 选择Displacement Parameters； (3) 选择想要编辑位置的行；
(4) 在Selection Type菜单中选择位移参数的类型； (5) 输入相关数据。
编辑已经存在的位移参数：
(1) 选定Use Displacement Parameters选项；
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(2) 在Show菜单中选择Displacement Parameters； (3) 选择想要编辑的行，输入新的数据。
5．标号、占位率和位置坐标
在Edit Crystal窗口中，显示了非对称基元的位置列表。Crystalmaker使用这些位置的坐标来生成完成的单胞。对于化学占位：如果这个位置有序，就输入元素符号；如果这个位置无序，就输入最多三个元素及其占位，格式如下：Si 0.7 Al 0.2 Ge 0.1。总占位率不能超过1。
二．File —> New Molecular 新建分子
1．输入数据
选择File > New Molecular命令创建新分子，或者选择Edit > Structure命令编辑已经存在的分子。分子编辑对话框如下：
列表中显示了位置标注、坐标和占位率。 如何在列表中添加新原子： (1) 点击Add;
(2) 输入原子标注，最多六位符号； (3) 输入x, y, z的坐标； (4) 输入原子的化学占位率
如果原子位置有序，输入元素符号；如果原子位置无序，输入元素符号以及它们的占位率(就像化学式)，占位率总和最大为1 (5) 点击Remove删除原子。
三．File —> Open 打开文件
文件格式的自动识别
使用该命令可以打开非Crystalmaker文本文件，如果它们的格式为Crystalmaker所支持。这就意味着用户可以通过拖动文件到Crystalmaker中，从而轻松的打开复杂的数据库文件。
四．File —> Open in the same window 在当前窗口打开文件 五．File —> import 导入外部文件
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可以导入的外部文件格式后缀包括：
ATOMS格式：
ATOMS是一个生成晶体结构图片的程序，有USA的Shape Sofrware出品。
ATOMS拥有一个随版本改变的专有文本格式。以下为ATOMS的两种不同的文本格式：第一次显示时，程序会显示一个单胞；Transform > Set Range命令扩展原子范围。 ATOMS，version 5.0
ATOMS，version 4.9
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CCL格式：
CCL格式是一种灵活的格式，用于控制晶体结构最小二乘拟合。
“A”（原子）、“S”（对称性）和“C”（单胞参数）卡片。其他卡片会被忽略。 Chem3D Cartesian格式：
Chem3D是一种用在不同电脑系统中的分子模型包裹。它的Cartesian文件格式是一种基本的正交坐标格式。
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第一行是读取原子的总数。随后的行包含了元字符号、原子数和正交坐标。 Cif格式：
cif是指晶体学信息文件（Crystallographic Information File），是国际晶体学联合会制定的一种晶体结构标准文件格式。cif文件第一行是晶体介绍，以data_开始，后面跟自己想写的东西。从第二行开始，基本上是以变量（也可以叫数据名称，以下划线_开始），后面跟对应的值（包括数字和字符串等各种量），如下例： loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol _atom_site_fract_x _atom_site_fract_y _atom_site_fract_z
_atom_site_U_iso_or_equiv _atom_site_adp_type
_atom_site_occupancy #以上是变量
Ti Ti 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 Uiso 1.00 #数据行 O O 0.00000 0.00000 0.20800 0.00000 Uiso 1.00 #数据行
如果有很多重复的变量取不同的值，可以用loop_简化表示，在loop_ 以下有多少变量，每一数据行对应就有多少列。当出现新的变量名时，上一个loop_自动结束。 cif文件里的变量可以自己定义，但是有一些标准化的变量集，称为词典（dictionary）。使用时一般参照标准词典里的常用变量就可以了。 CSSR格式：
这些文件是由Daresbury 实验室的晶体学数据系统所生成。它们拥有一个非常简单的格式，其包括了单胞常数、空间群符号、数据库信息以及非对称基元中的原子位置坐标。
Cambridge FDAT格式： 剑桥结构数据库 Gsas 格式：
晶体结构精修类型，可以对x射线和中子粉末衍射的数据进行处理。 ICSD格式：
ICSD无机晶体数据库（inoganic crystal structure database）文件类型，几乎囊括了所有无机晶体的结构信息，上万条数据记录。 Macmolecule 1.x格式：
Crystalmaker 1.x版本文件 MDL molfile格式：
MDL MolFile (*.mol)(分子设计)文件格式。 MDL SDfile格式：
MDL SDfile（Structure-Data File）分子结构数据文件 PDB格式:
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PDB（protein database）蛋白质数据库格式文件对大部分做模拟和计算的人来说都很熟悉，但其中各个参数的意义很多人并不是很了解。下面对PDB文件中各个参数的意义做个解释：
REMARK
该记录用来记述结构优化的方法和相关统计数据。如用Refmac进行结构优化,该记录将自动插入输出的PDB。
CRYST1 (NMR除外)
该记录用来记述晶胞结构参数 (a, b, c, α, β, γ, 空间群) 以及 Z值 (单位结构中的聚和链数)。
SCALEn(n = 1, 2, 3) (NMR除外)
该记录介绍数据中直角坐标向部分晶体学坐标的转换。 ATOM
该记录记述标准氨基酸以及核酸的原子名,残基名,直角坐标,占有率,温度因子等信息。 HETATM
该记录记述了标准氨基酸以及核酸以外的化合物的原子名,残基名,直角坐标,占有率,温度因子等信息。 TER
该记录表示链的末端。在每个聚合链的末端都必须有TER记录,但是由于无序序列而造成的链的中断处不需要该记录。 MODEL
当一个PDB文件中包含多个结构时(例:NMR结构解析),该记录出现在各个模型的第一行。 MODEL记录行的第11-14列上记入模型序号。序号从1开始顺序记入,在11-14列中从右起写。比如说有30个模型,则第1至9号模型,该行的7-13列空白,在14列上记入1-9的数字;第10-30号模型,该行的7-12列空白,13-14列上记入 10-30的数字。
ENDMDL
与MODEL记录成对出现,记述在各模型的链末端的TER记录之后。 END
该记录标志PDB文件的结束,是必需的记录。 B-factoer
B因子是晶体学中的一个重要参数,晶体学中结构因子可以表达为坐标x,y,z与Bj因子的函数。物理学上对于Bj的表征有很多理论模型, 最成功的是由Debye和Waller提出的。将固体内振荡的量子本质计算在内后,他们将Bj 表征为绝对温度T和其他各基本参数的函数。由此可见,Bj与原子的质量等基本性质有关,也与实验温度有关。
B因子体现了晶体中原子电子密度的“模糊度”(diffusion),这个“模糊度”实际上反映了蛋白质分子在晶体中的构象状态。B因子越高,“模糊度”越大,相应部位的构象就越不稳定。在晶体学数据中, B因子一般是以原子为单位给出的,我们可以换算成相应残基的B 因子,从而分析残基的构象稳定性1)。另外,计算出的B因子中实际上包含了实验中的很多因素,如晶体结构测定的实验误差等,精度高的晶体结构数据提供较可靠的B因子数据。 此外，另外温度因子还和占有率相关，如果本身结构解析过程中占有率低，也会导致温度因子升高。这个时候只能说是X－ray收集数据的时候这个地方的信号比较弱，而和结构本身的构象如何，没有关系。
PDB 中的晶体学数据是以原子为单位的,它所给出的B因子是相对于每个原子的，统计中,首先将原子的B 因子换算成残基的B因子,即把每个残基所有原子的B因子取平均值。由于蛋白质分子表面残基的运动性比较大, B因子相对较高, 所以在统计中除去了这部分残
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基，具体方法是将数据中B 因子高的残基去掉10 % ,对剩下的残基进行统计,计算平均值。
R-facoter
R因子同上，也是一种衡量晶体图像模型和X射线衍射数据的参数。 SHELX格式:
晶体结构分析工具，用于晶体结构测定和精修 STRUPLO格式: 晶体结构绘图
六．File—>New window with this view新建一个窗口，打开的是与当前同样的视图。
七．File—>take snapshot 快照
八．File—>place molecule 摆放一个分子到需要的文件中去
在建立的分子结构文件中，点击place molecule选择需要添加的分子文件以Crystalmaker二元分子文件保存（.cmmf格式），把它直接加到已知晶体中。
打开后，成功将名为damp的分子文件添加到用户当前窗口（黄色S原子）中。使用具和旋转工具，对分子进行编辑。
工
九．File—>close 关闭文件
File—>close all 关闭所有文件
File—>Close without saving 关闭文件，不保存 File—>Close all without saving 关闭所有文件，不保存 十．File—>save 保存
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File—>save as 另存为 十一．File—>export 输出文件
Graphics格式：存储像图到文件：
(1) 选择File -> Export- > Graphics，出现对话框； (2) 设置图片输出大小、分辨率，然后点击export；
(3) 设置文件名和存储路径；从下拉菜单中选择文件格式（bmp、jpg、png等）；保存即可。
Video格式：存储视频到文件 Web Page格式：存储脚本到文件
Crystalmaker生成一个显示所有结构细节的网页，网页上图片会和屏幕中图片的大小相同。选择File -> Export -> Web Page命令可以生成一个HTML的纯文本文件，其中包含了JPEG格式的图片文件。用户可以使用任何web浏览器观看这个HTML文件。这是在网上发布晶体结构的理想方法。
Coordinates格式：存储原子坐标到文件
用户可以使用File->Export ->coordinate命令来生成一个包含所有原子位置坐标的文本文件。包括分数坐标和正交坐标两部分。
Visible Coordinates格式：存储可视坐标到文件 Crystal Coordinates格式：存储晶体学坐标到文件 Distance&angles格式：存储键长和键角到文件
如果用户想要记录晶体中化学键长度和角度的信息，可以在Crystalmaker中生成一个详细列表，并存储为化学键文件。这个文件包含了单胞中所有原子的位置坐标，以及每个非对称基元中原子的化学键角度和长度。
用户可以吧最邻近化学键距离、角度和位置坐标信息存储在化学键文件里面。这个文本文件可以使用文字编辑器进行编辑。
Distances 给出了非对称基元中原子离默认原子之间的键的距离
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Angles 给出了不同邻近组合之间的化学键角度 Crystalmaker text格式：存储cmtx文件到文件
CrystalMaker可以生成关于结构中原子环境的详细信息，包括背景颜色、化学键搜索输出和化学键角度信息。这些数据以Bonds File的文件输出，这个文本文件可以在任何文本编辑器或文字处理器中读取。
Chem3D Cartesian格式：同import CIF格式：同import
Macmolecule 1.x格式：同import PDB格式: 同import 注：内部文件格式
Crystalmaker中的文件扩展名如下：
非Crystalmaker文本格式使用以下文件扩展名：
十二．File—>print setup打印页面设置
File—>print preview
打印预览
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File—>print 打印 十三．File—>exit 退出
Ⅱ.Edit子菜单
一． Edit—>undo 撤销
二． Edit—>select all 窗口内的分子全部选择 三． Edit—>clear selection 放弃选择
四． Edit—>copy graphics 复制图片到剪切板：
同file>export>graphics在对话框中选择输出的维数、实际大小、分辨率，然后点击copy。
五． Edit—>structure 编辑结构
即对晶体或分子的结构进行编辑，同file>new crystal/molecule。
六． Edit—>bonding 编辑键长
一当定义了晶体结构，就可以继续定义原子间的化学键和配位多面体。用户可以在结构中特定的原子间产生化学键。Crystalmaker不限定每个位置的化学键数，但最好保证这种化学键
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的真实性！定义或编辑化学键如下：
选择edit > Bonding 命令，出现Editing Bonding对话框，对其中的化学键数据进行编辑。
添加/删除化学键：
(1) 点击Add，出现新行；点击Remove，删除化学键。 (2) 在给定菜单中，选择From到To 原子类型； (3) 点击Bmin，输入最小的化学键距离； (4) 点击Bmax，输入最大的化学键距离。
(5) 点击Info，预览配位数状态，检查化学键范围是否足够大。
注意，最大键长应该显示在Bmax栏。Crystalmaker会按照1.15×(rA+rB)计算最大键长，rA和rB分别是From和To原子的半径。
七． Edit—>elements 编辑元素周期表
选择Edit > elements，可以对元素表中元素的颜色和半径进行编辑。当定义一个新的结构时，Crystalmaker试图把输入元素与它的周期表中的元素相匹配。成功匹配后，就会得到元素半径和颜色值。这样就省去了每次自己是指原子颜色和半径的麻烦。Crystalmaker依靠原子半径来生成化学键和多面体。但是，原子半径随结构不同而变化，由化学键类型和配位角度所决定。Crystalmaker提供原子半径，共价半径，Van-der-Waals半径和离子半径。元素表还设置了默认颜色。Crystalmaker以原子半径(加上15%)的综合为指导，来决定哪些化学键需要生成。这就意味着如果原子半径适合目前的晶体类型，自动化学键生成就会失效。因此，使用正确的化学表就显得尤为重要。
Crystalmaker的默认化学表使用Shannon&Prewitt, 1969/1976中的离子半径数据。 对于无机物晶体，我们建议：
Shannon&Prewitt Ionic “Crystal” Radii 对于有机物晶体，我们建议：
(1) CSD Crystalmaker Covalent Radii; (2) CPK Covalent Radii; (3) CPK Van-der-Waals Radii
在Element Set下拉菜单中选择元素表
选择要编辑的元素行；点击Radius，输入新的数值，修改半径；
点击Colour，选择新的颜色； 点击Apply完成编辑。
点击Import按钮，就会显示要加载的文件
点击Export，设定文件名和存储位置，然后完成保存。
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八． Edit—>preferences 面板显示优先权设置
包括记录当前的设置，重新使用上次保存的设置，使用默认设置三种。
Ⅲ. Selection子菜单
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一． Selection—>select 选择
Select all 全部选择 Atoms 选择所有原子 Textboxes 选择所有文本 Vectors 选择所有向量
Nearest neighbours 选择 与所选定原子 相邻（有化学键相连）的 原子 Entire molecule 选择 与选定原子 相邻（有化学键相连）的 所有原子 Invert selection 反向选择，即选择未选定的原子 Clear selection 撤销选定
二． Selection—>show all 显示 三． Selection—>hide 隐藏
Selection 隐藏所选择的原子
Unselected atoms 隐藏未选择的原子
Other molecules 隐藏其他的分子（即只显示与所选定原子有化学键相连的原子团）四． Selection—>detach 所选择的原子相连的化学键断裂 五． Selection—>duplicate 复制所选择的原子
选定Offset，输入偏移量，然后点击OK。
六． Selection—>delete 删除所选择的原子 七． Selection—>atoms 编辑所选择原子的信息
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1． culour 编辑所选原子的颜色
2． Style 编辑所选原子的风格形式
Blank 空白，即不显示
Hollow dashed 中空，虚线轮廓 Hollow 中空，实线轮廓
Hollow striped 中条纹状，实线轮廓 Hollow hatched中网状，实线轮廓 Hollow equatorial中经纬状，实线轮廓 Plain while 白色平面 Plane black 黑色平面 Filled 正常填充元素颜色
Filled equatorial 正常填充元素颜色，有经纬纹 Filled with shine正常填充元素颜色，有光照点 Two tone 填充两个色调 Beach ball 填充沙滩球图案 Random fill 随机填充 Rendered 三维渲染
Rendered two tone 填充两个色调，三维渲染 Rendered beach ball 填充沙滩球图案，三维渲染 Rendered translucent 填充半透明，三维渲染
3． Reset colour &styles 重设所选择原子的颜色和形式
4． Change atoms type 改变所选原子类型
点击后，出现如下对话框，可对原子的类型、标号、颜色、半径进行编辑。 20
5． Edit coordinates 编辑所选原子的坐标
Specify单选按钮：选择Direct Coordinates单选按钮，编辑单个选定原子的绝对位置坐标；
选择Relative Offset单选按钮，移动选定原子或原子团；
Basis单选按钮：选择Fractional Coordinates单选按钮，编辑晶体学坐标； 选择Orthogonal Coordinates单选按钮，编辑屏幕坐标； 通过设定x、y、z的数值进行编辑
6． Turn labels on 显示所选原子的标识
7． Labels to textboxes 编辑所选原子的标识
八． Selection—>bonds 编辑所选择原子相邻的化学键信息
1．Style 化学键的风格类型
可以对化学键的形式和颜色进行修改，最后点击ok即可。
Style的下拉菜单分别包括： Blank：空的
Dashed line：虚线 Dotted line：点线
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Dual-band cylinder：双色带状圆柱 Line：线状
Multi-band cylinder 多带状圆柱 Plain cylinder 平面圆柱
Rendered cyclone 三维渲染圆柱
Rendered Dual-band cylinder：三维渲染双色带状圆柱 Rendered Multi-band cylinder 三维渲染多带状圆柱 Striated cyclone 细纹状圆柱
2． Reset styles 重设化学键风格
九． Selection—>vectors 编辑所选择原子的向量信息
1．Add 在原子上添加矢量： (1) 选择原子或原子团；
(2) 选择Selection > Add Vector命令，出现对话框：
(3) 输入方向坐标[UVW]；
(4) 如果想要改变矢量的长度，选择Specify Length选项，输入一个长度值。 (5) 为矢量选择一个颜色；
(6) 选择From 或Through按钮选择一个矢量的样式； (7) 点击OK完成设置。
2．Edit Vector编辑原子矢量：
(1) 使用箭头工具选择一个或多个矢量； (2) 选择Selection > Edit Vector；
(3) 调整位向、颜色和矢量样式，点击OK键完成。
3．Delete Vector命令 删除原子矢量
十．Selection—>calculate centroid 计算选择的原子团边界到质心距离
选择原子团（黄色区域），执行Selection—>calculate centroid命令，得到距离。如：
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十一. Selection—>Center on selection 将选择的部分移到窗口正中央 十二. Selection—>make polyhedron 生成多面体的中心
Make Polyhedron命令会在已存在原子的质心生成一个新的位置，并在质心和顶点原子之间生成化学键。有了这些化学键，就可以显示多面体了。Make polyhedron命令有众多选项。用户可以选择至少两个原子或原子团，执行该命令，编辑质心原子的原子类型和位置标注；选择是否显示任何对称位置；选择在质心原子和顶点原子之间是否生成化学键，以及对称位置上是否也生成化学键。
Ⅳ.model子菜单
.
1．改变晶体模型
Crystalmaker中提供六种模型结构，对于每种模型，用户都可以选择是否显示：单胞外形，轴矢量，表面覆盖。不同的模型可以在Model菜单中选择。 （1）Ball and Stick：
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Ball-and-stick plots描述了以线或者圆柱相连接的实心球，代表了化学键。每个原子的半径是它的Space-filling半径的百分数(默认40%),其最小半径为0.4埃。用户可以使用Model Options> Atoms pane>Relative Radius and Minimum Radius对ball-and-stick中的球体大小进行编辑。
（2）Space Filling：
Space-filling plots描述了在一个结构中原子是如何堆簇在一起的。这些原子呈球状，半径对应其实际的原子半径。如果用户定义了键，软件会在必要的时候使用球叠加校正。 （3）Polyhedral：
复杂结构可以使用配位团作为几何单元(多面体),从而省略原子和原子键(例如，一个SiO4团代表了四面体，其中Si原子在中心，O原子在顶点)，达到简化的目的。Crystalmaker可以构建任意凸多面体。
注意：必须定义原子键才能生成多面体！ （4）Wireframe：
对于复杂结构，wire-fame结构对比较有用，这通常是在屏幕上旋转结构的最快模型。未键合的原子好比一个个独立的像素。每对原子间的线分割表示键。 （5）Stick：
本模型包括经过渲染的原子键的圆柱形化学键，而未键合的原子显示为球形。这在显示化学键结构和分子几何时特别有用，但对于复杂结构画起来会比wireframe慢。 （6）Thermal Ellipsoid：
本模型适用于结构的位置中包含原子位移参数的情况。Thermal Ellipsoid模型和ball-and-stick模型类似，但是在这个结构中一些原子呈椭圆形，表现出热振动、无序的各向异性，并显示出了在原子位置上的不确定性。椭圆的大小依赖于位移参数和其他可能因素。
注意：用户可以同时使用polyhedral, ball-and-stick, wire-frame，stick在一个模型中。
2． Show Surface 显示原子表面
表面覆盖可以模拟单个原子的蓬松性质
3． Hide unit cell 隐藏单胞
4． Hide axes 隐藏坐标（窗口左下角）
5． Model options 模式选择
自定义不同渲染效果的模型或更简单点儿的“线性艺术”。 （1）atoms原子选项
在Atoms面板中，用户可以根据元素类型或位置自定义原子显示的样式。列表中显示了按照元素类型分类的原子球体、热椭圆体和多面体。点击灰色的三角按钮，用户可以关闭或打开这些原子。
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所有位置使用默认值
：
点击Use Default Style按钮，所有位置显示Default行的球、椭圆或多面体样式。 线性宽度保留高分辨率
：
选中Scale pen widths。 Sphere球体选项：
同Selection-atoms-styles说明。 Ellipsoid 椭球体选项：
使用Atoms面板的Ellipsoid行，可以按照元素或位置调整热椭圆体的样式。点击椭圆标志左侧的复选框来关闭热椭圆体功能。那个位置或元素的原子会显示小椭圆。用户可以改变它们的样式，以此区别于其他椭圆位置。可以使用Atoms面板右下侧的Thermal Ellipsoid Sphere来设置球体半径。
Polyhedron 面体选项：
一当生成化学键，配位多面体就可以显示。作为化学键生成过程的一部分，Crystalmaker会搜索有化学键位置周围的多面体。高的配位位置会自动给予填充的三维多面体样式。低配位的位置会给予默认的空白样式。未键合的位置会显示孤立的原子球。
Crystalmaker提供以下多面体样式： Blank
这钟样式以红十字表示，可以用于显示多面体顶点原子。 Ball-and-stick
显示一个中心原子，和它的配位原子有或者没有化学键。可以选择化学键显示为cylinders或者wireframe样式。 Stick
仅仅使用圆柱体或线画出从一个位置到它的配位原子的化学键 Frame Polyhedra
这种多面体样式，包括画出多面体的边缘以及从中心原子到多面体顶点的化学键。 Translucent Polyhedra
这种样式类似于Open Polyhedra样式，不同的是多面体面为半透明样式 Plain Solid Polyhedra
面以原子颜色绘制；边以高亮的颜色绘制，以此区分于背景颜色 Stripe-fill Polyhedra
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面以颜色条文填充，边以更粗的条文绘制。 Rendered Solid Polyhedra
这种多面体拥有和原子颜色一样的不透明表面，按照光照方向和反射设置会出现阴影。
Sphere style
顶点原子设为球
（2）bonds化学键选项
化学键以连接原子间的圆柱体或线表示。在如下的Bonds面板中，用户可以对化学键的样式或颜色进行设置：
Style：改变化学键的样式，同selection-bonds-style Colour1：选择颜色 所有位置使用默认值
：
点击Use Default Style按钮，所有位置显示默认值。 线性宽度保留高分辨率
：
选中Scale pen widths。
调整表示化学键的圆柱体的半径：
在Ball&Stick和Stick中输入新的百分数值。
(3)surface 表面选项
对于任何模型，我们都可以给它覆盖一个表面。表面覆盖可以模拟单个原子的蓬松性质，并表现出更多的常规状态。点击Apply完成设置。
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Colour：设置颜色
选择Use Atom Colours按钮，球体表面显示可其下面原子一样的颜色；选择Use Same Colour按钮，为表面设定一个统一的颜色；
Surface type：表面覆盖可以使用以下三种表面样式：
Density
Density-fill球模拟了烟雾粒子的外观。单个球体用随机的点渲染，点的密度随到中心距离的增加而减少 Dot
Dot-surface球用来加重外表面。单个的球体被看做是中空、外边面有一层点的球 Smooth-shaded
Smooth-shaded球模拟具有光滑表面的中控球的外观。这种模式的处理速度要慢于其他模式
Opacity：滑动按钮，为表面设定透明度 Sphere size：表面球体半径值
（4）unit cell 单胞选项
新晶体可以用一个单胞来展示。单胞展示是目前原子范围内最核心的单元。
左侧unit cell frame单胞框架：
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Style：选择Solid 或者dashed样式，
Width：线宽依赖于分辨率，所以为了在高分辨率打印或输出图片有一个较好的线宽，其值设置应小于1 pt； Colour：颜色
多选按钮：用户可以选择显示一个居中的单胞或者多个单胞；对于densely-packed结构，单胞框架会变得隐藏，应该关闭Atom overlap correction。单胞框架会叠加到结构上。Label Edges选项添加标注到x(A), y(B), z(C)。 右侧axial vectors坐标轴矢量： 为了确定晶体的位向，用户可以显示一组平行于结构晶体学坐标轴的坐标。这个坐标轴矢量显示在图片窗口的左下角。矢量的颜色和标注，在xyz和abc按钮之间选择一个，作为坐标标注；为三个轴选择新的颜色；
（5）label 原子标注
Crystalmaker提供自动的原子标注，这些标注还会随结构的转动而移动。标注会以高亮的颜色显示(黑色或白色)，以和背景颜色形成对比。
Type：标注的类型
Auto number原子数：例如0,1,2??
Chemical element化学元素符号，例如Ca；
Fractional coordinate xyz轴的位置坐标：例如0 1.2 .5； Site label 位置标号：例如Ca(2)；
Z-coordinate原子z轴位置坐标：例如-13.234；
注意，所有标注位置都应该是相同的类型，不能把化学元素、原子数以及Z轴位置坐标用在同一个图中。
Position标注的位置：
用户可以相对于主原子来设定标注的位置，或者让Crystalmaker自动标注，避免覆盖邻近的化学键。
Font：选择标注的字体 Size：选择标注文本的大小
（6）background 背景选项
Crystalmake中可以显示单色或渐变色的背景，或者以图片为背景。并且支持JPEG,TIFF和PNG等图片格式。
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Plain background：指定一个单色的背景；
Gradient Fill：指定一个渐变色的背景；在Colour按钮中选择背景颜色；
Style：如果选择渐变背景，在style菜单中选择渐变的样式；设置angle和scale可以改变角度和大小；
Place Picture：从本地文件添加图片；
Ⅴ.Rendering 渲染子菜单
Crystalmaker可以把原子、化学键和多面体高质量的表现出来。程序中这些都是默认设置，并且给出高质量图片的同时，又保证了高质量的像素输出。逼真的阴影渲染出惊人的外光色彩和灰阶图像。也可以使用透视和深度来加强三维效果，或者使用立体影像创建真是的三维视图。此外，也可以创造更适于黑白杂志发表或讲稿的“线性艺术”。
一． Rendering->Colour 原子显示彩色 二． Rendering->greyscale 原子显示灰色系
如果用户想要预览灰色的激光打印效果，可以选择Greyscale模型得到高质量的灰色效果。
三． Rendering->black&white 原子显示黑白色
对于要在期刊上发表的图片，Black & White模型会比较合适。
四． Rendering->mono 单一立体效果显示
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五． Rendering->stereo（red&blue） 红蓝立体效果
Red/Blue Stereo由从两个有一定角度的视角观察的模型组成，在渲染选项的Stereo面板可以进行设置。使用立体眼镜可以观察到令人印象深刻的三维图像。
六． Rendering->Stereo pair 双图立体显示
Stereo Pairs图形显示了两个代表左右眼视角的模型。这两个视角相对在进行轻微的旋转，理想情况下，两个图形之间的距离应该等于两眼之间的距离。用户可以通过渲染选项中的Stereo面板来改变两个图形之间的变化角度。
七． Rendering->Fast rotation mode 加速旋转模式 八． Rendering->full rendering mode 高质量图像旋转模式 九． Rendering->turn depth fading on 开启深度构建模式 十． Rendering->turn perspective on 开启远景模式 十一. Rendering->rendering options 自定义渲染选项
1．Reflectance 反射
实体反射出的光的强度决定于三个因素：（1）环境光造成实体向四面八方发光；（2）漫反射光随方向而变化，强的漫反射光给予实体白垩的光泽；（3）镜面反射的特点是有光泽或蜡状表面，点光源被实体的表面所反射。
因此，实体的光反射可以使用ambient（环境光源）、diffuse（漫反射）和specular（镜面反射），以及specular focus（镜面聚焦设置）来进行模拟。
下拉菜单Rendering for显示了原子、化学键、多面体和表面之间进行的转换。
下拉菜单Presets显示了白垩光泽、陶瓷光泽、平面、玻璃关泽、金属光泽、塑料光泽、橡胶光泽、染色光泽、蜡质光泽之间的切换。
下拉菜单show frame显示了多面体边缘线深色和浅色间的切换
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2． Lighting 光照选项
在Lighting面板中，又可以对环境光源和点光源进行设置。
左侧滑动条：调节环境光源和点光源亮度
右侧圆盘：在立体图上点击一个点，或者在bearing和elevation上输入数值调节光照方向
3．Depth fading 深度构建
Crystalmaker的一个独特特点是控制前景原子的透明度。通过使这些原子变得透明，远距离的原子会变的可见，而更远距离的原子会融入背景。这样，就可以窥探复杂结构的内部。 Crystalmaker可以模拟大气雾的影响，这样原子间的距离就像融入到背景中。Depth Fading效果在拥有较多原子的复杂结构中会比较有用。使用大量的depth fading，超过一定深度的原子会变得不可见。
对depth fading的点进行控制。用户可以通过点击拖动控制红色按钮来自定义depth profile。点击拖动滑动按钮来显示材料中不同深度的原子。如果同时选择了Use depth fading和Live update选项，当拖动滑动按钮时，结构模型会实时显示。下方滑动条是对前后背景渐变色的选择。
Presets的下拉菜单列出了深度构建的样式：方块状、针状、金字塔状、斜坡状、阶梯状、梯形状、薄片状、自定义状（用户可以通过点击拖动控制红色按钮来自定义）。
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Depth Profiling的应用： （1）观察密集结构的内部
使用深度面板上的Depth Slider按钮，可以穿透前景原子，从而观察复杂结构的内部。 （2）快速扫描模拟的结构
通常此模型适用于具有众多原子的结构，并且感兴趣的数据一般与模型中心有关。 Depth Profiling还提供了一个观察大结构的快速方法。 （3）观察以高度为函数的表面 对于给定的晶体表面位向，原子的排列方式随表面高度的不同而变化。如果选择的观察方向垂直于想要的平面，使用Depth Zoom slider可以在不同高度快速的观察原子排列。
4．Perspective 远景
远景校正可以用来加强模型的三维效果。 选择use perspective后，用户可以在渲染选项中的view distance上编辑观察的距离(观察者和结构中离观察者最近的原子)。小的观察距离虽然可以加强远景的效果，但是会使结构显得扭曲。为了得到最好的效果，可以根据结构的大小来选择观察距离：大结构选择大的观察距离，小结构选择小的观察距离。
5．Stereo 立体效果
Crystalmaker拥有创造3D效果图片的能力。具体见上文Rendering->stereo（red&blue） 和Rendering->Stereo pair 。
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Ⅵ. transform子菜单
一． Transform —>Set view direction 设定观察角度
可以通过以下两种方法定义观察方向：
1．Lattice Vector按钮:晶向坐标[UVW]；即在晶体内定义一个方向 2．plane normal按钮：晶面坐标[HKL]，[HKL]为晶面的米勒指数。
3．Choose preset view：选择观察的方向。a——此时a轴垂直于屏幕，可以看见b-c平面。 b——此时b轴垂直于屏幕，可以看见a-c平面。 c——此时c轴垂直于屏幕，可以看见b-a平面。 [1 1 1]——沿向量[1,1,1]的方向观察。
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如下面的窗口：晶体会沿[111]方向重新画出。
二． Transform —>Auto rotate 自动旋转
如果想让模型结构连续旋转，模型结构可以围绕一个或多个坐标轴进行精确旋转。可以旋转一圈，也可以连续旋转。 Mode自动旋转模式：
rotation 连续选转，选择stop after 1 revolution按钮，将在旋转一周后停止。 oscillation 自定义周期旋转角度
rotation increments 自定义旋转轴和旋转时增加的角度
设定旋转围绕哪些坐标轴进行，以及围绕每个坐标轴旋转的速度；点击start，自动旋转开始。
三． Transform —>Set scale 定义标尺
选择Transform > Set Scale命令，在对话框中输入一个标尺。注意，如果用户重设了窗口，标尺也会改变，同时结构也会改变以适应新的窗口。
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四． Transform —>Set range 设定范围
可以根据原子的位置或化学元素符号对其进行隐藏；可以对原子数范围进行精确设定；Plot Range命令可以沿晶体学x, y, z方向设定最小和最大的参与原子范围。
1．Axial range limits：输入x, y, z方向的原子范围，沿坐标轴方向10%的进行改变
2．Full XYZ range：expand按钮，沿坐标轴方向10%的进行增加
contact按钮，沿坐标轴方向10%的进行减少 reset按钮，恢复最初设置 add cells 晶体成倍数增长 remove cells 晶体成倍数减少 one cell 恢复成单胞形式
3． Live update：窗口实时更新
4． Auto-scale：自动调整到最合适的大小
五． Transform —>Optimise range 优化选择范围
Crystalmaker的Optimize Range命令提供整理显示分子晶体的功能。它不依赖于任何现有的各种限制或晶胞设置。连同其最佳内容，单一的单位细胞内会显示出来。
1．Hide Stranded atoms 隐藏应该键合的原子
2．Hide Molecular Fragments隐藏屏幕显示范围内所有不完整的分子。
3．Repair Molecular Fragments 修复不完整的分子
此命令检查当前显示在屏幕上的原子，识别任何不完整的分子 ，然后如果需要的话，会产生额外的原子和化学键，以使所有的原始原子都显示在完整分子中。
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4．Show molecular cell 显示分子单元 此命令显示最佳的分子晶体单元格内容。此程序搜索与单个晶胞相关的完整分子，并包括部分在晶胞外的分子，然后显示完整的单元格内容。
六． Transform —>Define cluster 定义团簇
使用Transform > Define Cluster命令，可以显示指定原子中心一定距离范围内的所有原子（显示邻近原子团），以此来研究其最邻近配位环境。
注意，如果使用多面体，并且原子团半径设置太小的话，可能会得到空白的窗口。Crystalmaker允许在目标原子最大键距离的基础上，显示配位多面体。这个功能在多数情况下很好用，但只限用于径向配位团。展示非径向排列就比较困难。
1． Define cluster定义团簇：Around the centre of selection 在所选原子的中心生成团簇 Around site 在下拉菜单中选择原子，查看其周围团簇。
2． Include atoms in the range 设定范围，即径向距离，上图显示的是位置周围3埃范围内的
所有原子
七． Transform —>Lattice plane 摆放晶面
在Crystalmaker中，用户可以观察结构中的晶面。使用Lattice Plane工具，还可以对晶面进行移动和旋转。Crystalmaker可以显示一个穿过结构的晶面。用户可以定义晶面的位向，对其进行移动，以及以其为界面切除结构。
1． Show/hide 显示或隐藏晶面
2． Edit 编辑晶面
用户可以通过指定晶面的米勒指数(hkl)，或者通过选定原子来显示晶面。点击Colour按钮，设定晶面的颜色，点击opacity按钮设置透明度；
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注意，默认情况下，相对于晶体模型，这个晶面会居中。米勒指数定义了晶面的相对位向，而非绝对位向。接下来，我们研究在结构中拖动这个晶面。.
3．Fit Through Points显示通过指定原子的晶面：
选择晶面要通过的原子；使用Transform > Lattice Plane > Fit Through Points命令，最佳位向会计算出来并显示。
4．Distance from plane 计算所选原子到晶面的距离
八． Transform —>Slice mode
部分晶体切片
用户可能需要隐藏显示晶面的一侧的结构。Transform > Slice Model可以使晶面上部分的原子加亮；也可以选择隐藏这部分原子、剩余原子或者取消。
如果想要显示一个比较大的表面，在对晶体切片以前，需要重设原子范围。
九． Transform —>Calculate angle 计算晶面/平面间角度
在Crystalmaker中，使用Transform > Calculate Angle可以使用Calculate Angle命令测量晶面间或晶面和晶向间的角度。 1． 晶面和晶向间的角度
（1） 在direction1中输入100，选择它为Lattice Vector，这样Direction 1现在代表了[001]
晶向；
（2） 在Direction 2中输入001，选择它为Plane Normal，这样Direction 2现在代表了(111)
晶面；、
（3） 晶面和晶向间的角度会显示在对话框下面；
（4） 点击Calculate按钮，计算的角度会显示在Log中。
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2. 计算结构中两个晶面族间的角度： (1) 选择一个晶面族内的原子；
(2) 选择Transform > Lattice Plane > Fit Through Points命令，显示最佳位向；
(3) 在Direction 1的下拉菜单中选择Use Displayed Lattice Plane(使用设置的晶面)命令； (4) 在Direction 2的下拉菜单中，选择Use Displayed Lattice Plane。 (5) 连个晶面间的角度会显示在对话框下面；
(6) 点击Calculate按钮，计算的角度会显示在overview窗口的Log中。
注意：使用
工具，可以对把晶面沿与其平行的方向进行移动。
十． Transform —>Calculate formula&density 计算占位率和密度
使用该命令可以在overview窗口的log中显示晶体中各个原子的占位率及密度。
十一． Transform —>Calculate porocity 计算不同类型原子所占的空间比率
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使用该命令可以在overview窗口的log中显示晶体中各个原子的空间比率情况。
十二． Transform —>List atom types 列出原子类型信息
使用该命令可以在overview窗口的log中显示晶体中各个原子类型及数量。
十三． Transform —>List bonds 列出化学键信息
选择Transform > List Bonds命令，可以使用化学键搜索，获得特定原子周围的具体信息，出现对话框如下：
1． Define bond search 定义化学键搜索范围
From Each Selected atom选项，列出选定原子周围的化学键； From element选项，列出特定原子类型所有位置周围的化学键； From site选项，列出特定位置周围的化学键。
2．Search range 从原子中心指定化学键搜索范围。 3．Output options 选择输出方式：
Full output选项，列出原子类型、位置坐标以及邻近原子距离等信息； Distance only选项，列出特定原子周围一定范围内的原子数； Histogram选项，列出原子信息的直方图
4．点OK按钮可以在overview窗口的log中显示结果。
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十四. Transform —>List coordinates 列出坐标信息
使用该命令可以在overview窗口的log中显示晶体中各个原子的小数坐标和正交坐标。
十五. Transform —>Generate bonds at file import 在导入文件中生成化学键
Transform —>Generate bonds now 生成实时化学键
使用该命令可以在overview窗口的log中显示晶体中化学键的数目。
十六. Transform —>Define supercell 定义更大范围的单胞
设置xyz各个方向包括的单胞数目即可。
十七. Transform —>Discard symmetry 删除对称性
十八. Transform —>Crystal to molecule 晶体到分子的转化Transform —>Molecule to crystal 分子到晶体的转化
十九. Transform —>Diffraction pattern 衍射形式
Ⅶ.Window子菜单
主要设置crystalmaker的操作界面
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一．window—>palettes 面板
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1．Tools 工具栏 （最左侧）
2．Views 视图 切换到overview窗口的views界面 History 历史 切换到overview窗口的history界面 Files 文件 切换到overview窗口的file界面 Log 日志 切换到overview窗口的log界面 3．Site browser 切换到元素位置浏览器 4．Video recoder 切换到使用quicktime 5．Annotation 注释
（1）下拉菜单：注释工具可以添加文本框、双箭头直线以及标尺。
Textbox：文本框可以包含Unicode文本，或为空白，或为占位。线或箭头可以添加到边缘或者穿过文本框的中心。文本会自动包含在文本框中，这样用户就不必在每行都回车。文本框可以重新设定尺寸。
Line：线可以附带单或双箭头显示，还可以添加颜色或者阴影效果。 Scale bar：标尺包含了一条线，以及线两端的长度尺寸。
（2）设定一个注释类型；frame 空框架 background fill 背景填充色 shadow 阴影字体 Show line：Anchored 固定位置 centred 中央 arrowed 箭头状 （3）Apply完成设置。
6．Plot range 设置范围，同transform>set range
二．window—>workspace 工作区
1．Standard 标准工作区
包括菜单、tools 面板、toolbar、sidebar、overview window。 2．Minimal 最小工作区
包括菜单、tools 面板、toolbar、sidebar。
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3．Traditional 传统工作区
同1，但Site browser单独在最右侧 4．Info 信息区
同2，但Site browser单独在最右侧 5．Overview 观察工作区
包括菜单、tools 面板、toolbar、notes、Overview在最右侧显示 6．Info/overview 4/5切换
7．Next workplace 1~5按序切换
三．window—>toolbar 工具栏（窗口上侧）
包括标准、扩展、可视三种。用户可在工具栏空白处右键添加所需要的工具快捷方式。
四．window—>Sidebar 侧边栏
1．Site Browser
Site Browser提供关于结构中原子的信息。可以按照元素、位置标注对列表进行重新排列、 同时在Site Browser中，可以对原子的颜色、可见度、标注以及半径进行编辑，并对单个位置或者同元素的原子簇进行编辑。
2．Notes pane
在Notes pane中，可以保存关于结构的文本信息。
可以通过拖动Side browser和Notes pane之间的分隔栏来显示/隐藏。
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五．window—>show/Hide toolbar 显示/隐藏工具栏
window—>show/Hide sidebar 显示/隐藏侧边栏 window—>show/hide ruler 显示/隐藏标尺 window—>show/hide grid 显示/隐藏网格
window—>show/hide status bar 显示/隐藏状态栏（窗口左下方）
六．window—>maximise window 窗口最大化
window—>minimise window 窗口最小化
七．window—>set plot size 设置分辨率
可以用此命令改变水平和垂直的像素。
八．window—>tile 窗口平均分配显示
window—>stack 窗口重叠显示
使用tile命令可得到以下的窗口视图，
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使用stack命令可得到以下的窗口视图，
九．window—>cycle through windows 窗口交替显示
window—>cycle through windows backwards 窗口交替显示 十．window—>synchronise 所有窗口同步
window—>synchronise again 所有窗口再次同步
Crystalmaker强大之处在于它能快读的同步多个窗口。这样，如果一个视图和另一个相关，用户可以对它们的显示进行设置，诸如原子颜色、渲染样式、位向、尺寸等。
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1． Orientation 方位 View direction 观测方向 Range 范围 Scale 大小
2． Structural settings 结构设置
Atoms colours and radii 原子颜色和banjing Site visibilities 可视的元素 Bond specifications 化学键说明
3． Display styles 形式设置 Rendering options 渲染选项 Model options 模式选项
4．Miscellaneous 其他
使用同步命令：
(1) 确保主视图在Graphics window的最前面，这个结构的设置将应用到所有的其他结构中； (2) 选择Windows> Synchronize命令；
(3) 出现一个对话框，显示需要同步哪些视图； (4) 点击OK开始同步。
Ⅷ.Help子菜单
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一．Help—>crystalmaker help 在线帮助
Help—>crystalmaker user’s guide 用户向导 二．Help—>Setup guide 安装向导 三．Help—>what’s new 更新内容
Help—>release notes 使用证书注释 Help—>crystalmaker tips 使用小窍门 四．Help—>find a crystal structure 搜索晶体结构
Help—>crystalmaker website 官网
Help—>web support resources 网页资源支持 Help—>request technical support 询问技术支持 五．Help—>check for update automatically 自动检查更新Help—> check for update now 现场检查更新 六．Help—>reset licence 重置许可 七．Help—>about crystalmaker 关于软件
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Tools palette详细介绍
Tools Palette工具面板，可以操作、测量和编辑结构。测量工具加上旋转工具，可以对晶体进行精确位向操作。用户可以在键盘上输入相应的字母来选择工具。
在工具面板的最上面，会显示晶体结构或单分子的彩色图片：这是显示是否在分子模式的快捷方法。分子模式用来描述原子团以及其它没有长程对称的结构。
(A) 操作工具 (B) 选择工具 (C) 测量工具 (D) 屏幕尺寸工具
(E) 缩放工具 (F) 旋转工具 (G) 旋转模式工具
操作工具
一．
键，然后使用鼠标进行旋转操作。
可以点击工具栏中的
绕x轴旋转：垂直拖动鼠标； 绕y轴旋转：水平拖动鼠标；
绕z轴旋转：按住shift键，顺时针或逆时针拖动鼠标。 二．
；点击选定原子。此原子
我们从使用信息工具来显示一些原子信息。选择工具面板上的
会加亮，一个显示位置标注、原子类型和原子数的信息框会出现：
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点击信息框上的按钮；关于选定原子和任何键合原子的信息会显示在Overview Window
上的Log面板(如果Overview window不可见，选择Window > Palettes > Log使其可见)。 三．点击 四．
来放大感兴趣区域：
，并拖动结构，即可移动整个结构。
我们使用屏幕工具
把鼠标指针放在某个原子上并点击。结构会以被点原子为中心放大；可以一直放大到它的键合原子填满屏幕。
选择工具
在Crystalmaker中，可以对选定原子、多面体及原子簇进行隐藏。如果只想对晶体的部分进行操作，用户就需要选择这些原子。选定的原子以黄色或红色的光环标注，可以存储到文件。 选定一个或多个原子，使用的是以下工具： 一．
箭头工具允许选择在一个长方形的结构，点击并拖动整个选择的原子。 1．选定单个原子： (1) 在工具面板中选择
；
(2) 点击想要选择的原子；
(3) 按住shift键，点击选择其他原子。
2．选择矩形范围内的原子： (1) 在想选择区域的一角，点击并按住(2) 拖动鼠标选择一个矩形区域； (3) 释放鼠标，选择的原子就会加亮。
3．选择分子单元内的所有原子： (1) 使用
选定一个原子：
；
(2) 选择Selection > Select Entire Molecule，分子单元内所有键合的原子都被选定。
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4．移动选定的原子： 使用
工具点击并拖动选定原子。按住shift键进行水平或垂直操作。用户也可以使用键
盘上的箭头键移动选定的原子。原子每次移动一个像素的大小，如果按住Option键移动，每次会移动更大的距离。 二．使用
快速隐藏单个原子或多面体：
；
1． 在工具面板中，点击
2． 点击想要隐藏的原子或多面体，当放开鼠标时，原子消失。 三．
多边形工具可定义不规则的选择区域。点击起点完成选择。 选择不规则图形范围内的原子： 1．在工具面板中选择
；
2．点击定义选择区域的第一个点，释放鼠标； 3．继续定义围绕原子的点；
4．最后再次点击开始点，完成区域选择，选择区域内的原子就会加亮。
四．
套索工具定义一个随意的选择区域。有了这个工具，点击并拖动闭环围绕想选择原子 选择圈形区域的原子： 1．在工具面板中选择
；
2．点击并拖动鼠标，定义一个圈形区域； 3．释放鼠标，区域内原子加亮。
测量工具
使用距离和角度工具，可以得到有关结构的定量信息。
一．
化学键距离工具可以测量两个原子中心的三维空间距离。
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