crystalmaker教程

所有位置使用默认值

点击Use Default Style按钮,所有位置显示Default行的球、椭圆或多面体样式。 线性宽度保留高分辨率

选中Scale pen widths。 Sphere球体选项:

同Selection-atoms-styles说明。 Ellipsoid 椭球体选项:

使用Atoms面板的Ellipsoid行,可以按照元素或位置调整热椭圆体的样式。点击椭圆标志左侧的复选框来关闭热椭圆体功能。那个位置或元素的原子会显示小椭圆。用户可以改变它们的样式,以此区别于其他椭圆位置。可以使用Atoms面板右下侧的Thermal Ellipsoid Sphere来设置球体半径。

Polyhedron 面体选项:

一当生成化学键,配位多面体就可以显示。作为化学键生成过程的一部分,Crystalmaker会搜索有化学键位置周围的多面体。高的配位位置会自动给予填充的三维多面体样式。低配位的位置会给予默认的空白样式。未键合的位置会显示孤立的原子球。

Crystalmaker提供以下多面体样式: Blank

这钟样式以红十字表示,可以用于显示多面体顶点原子。 Ball-and-stick

显示一个中心原子,和它的配位原子有或者没有化学键。可以选择化学键显示为cylinders或者wireframe样式。 Stick

仅仅使用圆柱体或线画出从一个位置到它的配位原子的化学键 Frame Polyhedra

这种多面体样式,包括画出多面体的边缘以及从中心原子到多面体顶点的化学键。 Translucent Polyhedra

这种样式类似于Open Polyhedra样式,不同的是多面体面为半透明样式 Plain Solid Polyhedra

面以原子颜色绘制;边以高亮的颜色绘制,以此区分于背景颜色 Stripe-fill Polyhedra

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面以颜色条文填充,边以更粗的条文绘制。 Rendered Solid Polyhedra

这种多面体拥有和原子颜色一样的不透明表面,按照光照方向和反射设置会出现阴影。

Sphere style

顶点原子设为球

(2)bonds化学键选项

化学键以连接原子间的圆柱体或线表示。在如下的Bonds面板中,用户可以对化学键的样式或颜色进行设置:

Style:改变化学键的样式,同selection-bonds-style Colour1:选择颜色 所有位置使用默认值

点击Use Default Style按钮,所有位置显示默认值。 线性宽度保留高分辨率

选中Scale pen widths。

调整表示化学键的圆柱体的半径:

在Ball&Stick和Stick中输入新的百分数值。

(3)surface 表面选项

对于任何模型,我们都可以给它覆盖一个表面。表面覆盖可以模拟单个原子的蓬松性质,并表现出更多的常规状态。点击Apply完成设置。

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Colour:设置颜色

选择Use Atom Colours按钮,球体表面显示可其下面原子一样的颜色;选择Use Same Colour按钮,为表面设定一个统一的颜色;

Surface type:表面覆盖可以使用以下三种表面样式:

Density

Density-fill球模拟了烟雾粒子的外观。单个球体用随机的点渲染,点的密度随到中心距离的增加而减少 Dot

Dot-surface球用来加重外表面。单个的球体被看做是中空、外边面有一层点的球 Smooth-shaded

Smooth-shaded球模拟具有光滑表面的中控球的外观。这种模式的处理速度要慢于其他模式

Opacity:滑动按钮,为表面设定透明度 Sphere size:表面球体半径值

(4)unit cell 单胞选项

新晶体可以用一个单胞来展示。单胞展示是目前原子范围内最核心的单元。

左侧unit cell frame单胞框架:

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Style:选择Solid 或者dashed样式,

Width:线宽依赖于分辨率,所以为了在高分辨率打印或输出图片有一个较好的线宽,其值设置应小于1 pt; Colour:颜色

多选按钮:用户可以选择显示一个居中的单胞或者多个单胞;对于densely-packed结构,单胞框架会变得隐藏,应该关闭Atom overlap correction。单胞框架会叠加到结构上。Label Edges选项添加标注到x(A), y(B), z(C)。 右侧axial vectors坐标轴矢量: 为了确定晶体的位向,用户可以显示一组平行于结构晶体学坐标轴的坐标。这个坐标轴矢量显示在图片窗口的左下角。矢量的颜色和标注,在xyz和abc按钮之间选择一个,作为坐标标注;为三个轴选择新的颜色;

(5)label 原子标注

Crystalmaker提供自动的原子标注,这些标注还会随结构的转动而移动。标注会以高亮的颜色显示(黑色或白色),以和背景颜色形成对比。

Type:标注的类型

Auto number原子数:例如0,1,2??

Chemical element化学元素符号,例如Ca;

Fractional coordinate xyz轴的位置坐标:例如0 1.2 .5; Site label 位置标号:例如Ca(2);

Z-coordinate原子z轴位置坐标:例如-13.234;

注意,所有标注位置都应该是相同的类型,不能把化学元素、原子数以及Z轴位置坐标用在同一个图中。

Position标注的位置:

用户可以相对于主原子来设定标注的位置,或者让Crystalmaker自动标注,避免覆盖邻近的化学键。

Font:选择标注的字体 Size:选择标注文本的大小

(6)background 背景选项

Crystalmake中可以显示单色或渐变色的背景,或者以图片为背景。并且支持JPEG,TIFF和PNG等图片格式。

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