上海、江苏、浙江、安徽、福建、江西、山东、河南、湖北、湖南、广东、海南、广西、重庆、四川和陕西 ，以下类同），在应用范围上还没有形成覆盖全国主要防洪区域的防洪调度应用体系。
为提高防洪调度系统的实际应用效果，对水利部和流域级防洪调度系统尚需进行优化、提高和完善。需要扩充防洪调度系统建设范围，调整和补充防洪调度区域；完善防洪调度系统功能，增加系统的可视化、实时性和应急处理等功能，完善流域级调度模型的实用性。
2、洪灾评估系统
一期工程没有建设灾情评估系统，根据防汛业务需求，二期工程需要在水利部、流域机构、24个省（自治区、直辖市）建设洪灾评估系统。 1.2.3.10 抗旱业务应用系统
一期工程建设的抗旱管理应用系统，包括旱情数据库、旱情信息查询服务、旱情分析等。设计了统一的旱情数据库结构，作为试点项目完成了抗旱管理业务应用系统开发。
二期工程将重点完善水利部的抗旱业务应用系统，开发部署7个流域机构和31个省（自治区、直辖市）、新疆生产建设兵团的抗旱业务应用系统。
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1.2.3.11 综合信息服务系统
一期工程建设了防汛信息服务系统、防汛业务管理系统、抗旱管理系统等应用系统，均有信息查询或信息发布功能，为各个业务应用系统提供信息服务。
集成各类信息资源，整合已有各类信息查询与服务系统，构建统一的信息服务门户，提高信息服务的时效性、系统运行管理的安全性，建立防汛抗旱综合信息服务系统。
二期工程将重点建设水利部和流域级综合信息服务系统，开发部署31个省（自治区、直辖市）、新疆生产建设兵团的综合信息服务系统。 1.2.3.12 安全系统
一期工程只进行了部分网络安全系统的建设。水利部机关、各流域机构及省级水行政主管部门也依托其他信息化建设项目进行了不同程度的安全系统的建设，但是并没有形成统一的安全体系。在全国范围内存在安全建设不平衡，安全措施不全面，安全策略不一致，安全管理体系不健全等问题。
为了确保国家防汛抗旱指挥系统的安全应用，二期工程将建立一套有效、先进、实用的安全系统。
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1.2.3.13 系统集成与整合
国家防汛抗旱指挥系统工程是一个大型的复杂信息系统工程。一期工程建设只对硬件、软件系统进行了初步集成。硬件集成基本实现了硬件资源的共享；软件集成建立了应用支撑平台雏形，对防汛抗旱数据和一些公用服务进行了初步的整合。但是由于各业务应用系统开发的技术和运行的方式不同，各业务应用系统基本上是独立运行，只是在信息服务方面得到初步整合。
为了使整个系统成为一个有机整体，在整合一期工程已有资源的基础上，通过系统集成实现软硬件的优化配置，减少由于部门、系统的划分造成的硬件、软件重复建设，增加建设资金的使用效益。同时通过系统集成提出各级系统硬件、系统软件、数据库、应用系统的优化配置和部署方案。
1.3 初步设计报告编制的依据
1、《国家防汛指挥系统工程可行性研究报告（修改稿）》（NFCS-CMS-OD-02），2001年10月；
2、《关于国家防汛指挥系统工程可行性研究报告（修改稿）的评估报告》，中国国际工程咨询公司，咨农水[2002]466号，2002年7月22日；
3、《国家防汛抗旱指挥系统一期工程初步设计报告》，2005年7月； 4、《国家发展改革委关于核定国家防汛抗旱指挥系统一期工程初步设计概算的通知》，国家发展改革委，发改投资[2005]517号；
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5、《关于国家防汛抗旱指挥系统一期工程初步设计报告的批复》，水利部，水总[2005]171号，2005年5月9日；
6、《全国水利信息化规划（“金水工程”规划）》（水规计（2003）456号文）；
7、《关于2006年旱情信息报送有关问题的通知》，国家防办，办综[2006]16号；
8、《2007年报汛报旱通知》，国家防办，办综[2007]5号； 9、《关于国家防汛抗旱指挥系统二期工程可行性研究报告编制任务书的批复》，水利部，水规计[2007]220号，2007年6月11日；
10、《国家防汛抗旱指挥系统二期工程可行性研究报告》及其增补建设内容材料；
11、《关于国家防汛抗旱指挥系统二期工程（可行性研究报告）的咨询评估报告》，中咨公司，咨农发[2010]1828号；
12、国家发改委对二期工程可行性研究报告的批复意见（待批复）； 13、国家发展和改革委员会2007年55令；
14、《国家安全生产应急平台体系建设指导意见》（安监总应急〔2006〕211号）及相关材料；
15、《中共中央国务院关于加快水利改革发展的决定》。
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