第三阶段：普里高津为代表
1、主客体关系--主客体可分与主客体不可分
经典科学传统认为科学的认识对象独立于科学主体而存在，它与认识主体是否认识它与 如何认识它无关。爱因斯坦：\相信有一个离开知觉主体而独立的外在世界，是一切自然 科学的基础。\但爱因斯坦的相对论首先将\观察者\概念引入了物理学，认为时空的测量 与参考系的选择即与观察者的位置、状态有关。量子力学进一步说明在人类认识微观世 界的过程中，主客体不可分。生态科学、环境科学也表明，人是自然界的一部分，人与 自然是一个和谐的整体。 2、自然界的简单性与复杂性
经典科学传统认为，自然界（尤其是无机界）本质上是简单的，从而揭示自然界规律的 科学也应该是简单的。爱因斯坦：\物理上真实的东西一定是逻辑上简单的东西。\但自 组织理论认为，简单性在一定条件下会产生复杂性。自然界本质上是复杂的系统，小到 微观粒子大至宇观天体。因此现代科学既认同自然界的复杂性，同时也以认识复杂性为 主。
3、单值决定论与统计决定论
拉普拉斯的单值决定论是近代经典科学的主要理论基础之一。而哥本哈根学派认为，量 子力学在本质上只能对微观粒子的状态与运动作统计说明。现代生物学认为，环境的变 化与基因频率的变化并非一一对应关系，而是非线性关系。信息论也以概率来描述信息 。总之，当代科学认为，我们的世界（包括自然界）也许本质上是一个概率的世界，而 经典科学追求的乃是概率等于1的特例。 4、精确性与模糊性
经典科学认为，我们对实在的测量在原则上是可以极其精确的。爱因斯坦：\在描述各种 关系时要求尽可能达到最高标准的严格精确性，这样的标准只有数学语言才能达到。\经 典数学被认为是精确数学，而各门自然科学应用数学的程度便被看成这门学科成熟程度 的标志。但是量子力学的测不准关系以及客观世界中模糊现象、模糊量的大量存在与模 糊数学的产生等，都足以证明对模糊性的认识才是达到对自然界更深层次的本质与复杂 性的认识。
5、可逆性与不可逆性
在经典物理学中，时间是一个没有方向、没有箭头的参量，牛顿力学方程无论时间符号 如何变化都不变。因而经典科学为我们描述的自然界，是一种可逆的、对称的图像，而 不可逆性的出现只是幻影与错觉。但热力学第二定律与\熵\概念的提出，第一次提出了 不可逆问题，自组织理论再次将不可逆概念引入了自然科学，并进而认为不可逆性是自 然界的本质，且不可逆性还是有序之源。由此可见，否认不可逆性，人类便无法揭示自 然界的演化过程与机制。 6、连续性与间断性
经典科学的一个基本观点和信念便是自然界一切过程的连续性观念。大自然是由一系列 连续阶梯组成，能量、运动变化、时空等等都是连续的。但1900年普朗克的能量子假说
，爱因斯坦的光量子假说，玻尔的原子能量量子化的量子跃迁假定等，都证明了原子过 程的不连续性。现代生物学中的突变论或灾变论也有力地冲击着连续性观念。现在甚至 有人还提出时空量子化的假设等。 7、分析与综合
近代自然科学前期科学家对自然界进行的研究是一种分门别类的研究，研究方法以分析 方法为主。因而认识了自然界的各个领域、各个现象，也便等于获得了对自然界的整体 认识。但是当代系统科学的产生与发展，系统观点、系统方法的广泛流行与应用，正在 导致人类思维方式的重大变革。现当代，自然科学间出现了大量综合学科、边缘学科、 横断学科，而且自然科学、技术科学、社会科学与人文科学也逐渐融合而成为一个有机 整体。所有这些都要求分析的思维方式让位于综合的思维方式。